Ya desde primeros de siglo se oteaba la crisis señorial y, pese a los retrocesos habidos, hacia 1840 podía considerarse conclusa la primera fase de la vida de Benijófar, los hitos principales fueron la invasión francesa y consecuente sublevación popular; el decreto de las Cortes de Cádiz, de abolición de los señoríos jurisdiccionales, de 19 de agosto de 1811; parciales restablecimientos de los derechos feudales de 1814 y 1823; y finalmente la ley de 26 de agosto de 1837, que abolía definitivamente el régimen señorial en España y la de 14 de diciembre de 1840 que suprimía los diezmos. También el Decreto de 27 de septiembre de 1820 relativo a la supresión de cualquier clase de vinculaciones, y tras la década ominosa puesta de nuevo en vigor por el Decreto de 30 de agosto de 1836, aceleró el proceso.

La ley de 26 de agosto de 1837 permitió a los señores de Benijófar que este se transformara en su propiedad particular, pero sin los derechos jurisdiccionales. A partir de esta fecha se asiste al fraccionamiento de ésta única propiedad asta llegar al minifundio actual. Como cabía suponer de esta inicial propiedad única, las desamortizaciones del siglo pasado no tuvieron incidencia en la población, contrariamente a lo sucedido en las localidades de la Vega Baja que eran de realengo o a los señoríos eclesiásticos. Tampoco había fincas "de propios" que desamortizar en 1854-56. Pero aún así cuando se redactó el resumen hecho por la Junta Consultiva Agronómica de las Minorías sobre Riegos, en 1904 ya no quedaban huellas del dominio anterior.

Cuando en virtud de la Ley de Reforma Agraria de 15 de septiembre de 1932 se elaboró un Registro de la Propiedad Expropiable, Benijófar no fíe incluido.

El 21 de marzo de 1828, comienzan una serie de terremotos que durarían hasta septiembre, registrándose en Benijófar un grado de X. Apenas contaba con 250 habitantes y no sufrió pérdidas humanas, pero tal como señaló el Diario de Valencia del 5 de abril de 1829 "fueron destruidos la iglesia parroquial y gran parte de las cosas con las de su huerta y campo, sin que haya quedado un que no sufriera quebranto".

La Vega Baja, zona fuertemente sísmica había tenido varios avisos desde su reconquista, y el eje Benijófar-Rojales se había mostrado como un importante núcleo sísmico. En concreto, el terremoto del 1 de noviembre de 1755 (que destruyó Lisboa), consta ya como atestiguado en Benijófar. El día 24 se atestiguan temblores en Benijófar, y como en toda la Vega Baja siguieron hasta septiembre, aunque no quedan otras citas concretas de Benijófar cabe suponer que en él también se manifestaron.

El Rey acuciado por el obispo de Orihuela, tuvo el acierto de mandar al extraodinario ingeniero Jose Agustín de Larramendi para dirigir los trabajos de saneamiento y reconstrucción, que llegó a Orihuela el 23 de abril de 1829, y auxiliado por otro ingeniero, Eugene Fourdinier, sería el artífice de la restauración urbanística de toda la comarca.

Larramendi decidió la reconstrucción de 75 casas de Benijófar con arreglo a los planos aprovados por el Rey el 10 de junio de 1829, sobre la fase un memorial de 6 de junio. Desde 1845 Benif¡jófar ha ido creciendo paulatinamente hasta llegar a la fecha actual.