Durante el periodo islámico cabe destacar el desarrollo de los regadíos de la cuenca baja del Segura, mediante un sistema de acequias como la de Callosa, conducción todavía existente y que posibilitó el  asentamiento definitivo de su población.

de la reconquista hasta nuestros días

La historia de Catral se remonta a la Reconquista hasta conseguir su independencia, cuando Jaime I de Aragón, que vino en ayuda de Alfonso X el Sabio en 1265 durante la sublevación mudéjar, pasó por el lugar un 23 de junio. Convirtió la antigua mezquita en templo cristiano bajo la advocación  de San Juan Bautista.

Como recompensa por la ayuda y los servicios prestados en la campaña de conquista, estos monarcas hicieron donaciones de tierras y bienes en Orihuela, y su término a órdenes militares y a grandes señores. El mismo concepto de donadío da la concesión a la Orden de Santiago de los lugares de Callosa y Catral en 1255, aunque Alfonso X las reintegra a su corona en 1264, dándolos a las santiaguistas Aledo y Totana.

Catral aparece a finales del siglo XIII y finales del XIV como una propiedad heredada por los caballeros  D. Lope Díaz y D. Diego López de Haro, hermanos. Más tarde el hijo del Rey Sabio Sancho IV, El Bravo, lo enajenó entregando la mitad al pueblo y término a D. Jordán Alemán, caballero de Aragón y capitán de los ejércitos de Castilla. Aparece como queda indicado incluso hasta el momento de la donación que, mediante Privilegio de 29 de mayo de 1323, confirmó en Toledo el mismo monarca, con derecho de sucesión a favor de los hijos del aragonés, Ramón y Guillén Alemán.

Catral era durante los siglos XIV y XV una aldea poblada por mudéjares (aunque esta población autóctona quedó sometida a los nuevos colonos cristianos o repobladores que en su mayoría fueron valencianos, catalanes y aragoneses) con un desmantelado castillo, una pequeña huerta y amplios campos de aprovechamiento cerealista.
El mes de octubre de 1358 debería figurar como fecha nefasta para la población por la tala de toda la arboleda por las tropas castellanas, dejando la huerta arrasada y Catral, Almoradí y Daya destruidas y saqueadas.

La recuperación de la comarca en el siglo XV fue lenta y laboriosa debido a las hambres cíclicas, a la reaparición esporádica de epidemias, a la guerra de Granada y a la expulsión de los judíos en 1492. El deseo de emancipación y de erigirse en municipio autónomo por parte del vecindario de Catral permaneció en muchos casos latente, especialmente cuando la favorable evolución demográfica,  económica y otros factores de diversa índole alentaron las ansias de autogobierno. 
La respuesta a las aspiraciones segregacionistas vino de la mano de la creación de una nueva categoría municipal denominada precisamente UNIVERSIDAD mediante privilegio otorgado por la Corona. Es lo ocurrido con el lugar de Catral, dependiente de Orihuela, cuando en 1604 solicitó título de UNIVERSIDAD ofreciendo a la Corona 2.500 libras. Pero su pretensión se vio desestimada al exigirle la Corona un total de 4.000 libras a cambio del privilegio, cantidad que el escaso vecindario de Catral no pudo sufragar.
Tentativa también frustrada fue la de D. Ginés Juan Portillo Soto, caballero y familiar del Santo Oficio de la Inquisición de Murcia, vecino de Orihuela, queriendo crear un nuevo señorío alfonsino, de 1684 a 1691, en los marjales de Catral cercanos a la ermita de Santa Águeda, donde dicho Portillo tenía propiedades, cuando ya había sido otorgada incluso la carta-puebla,correspondiente.

Vista panorámica

Hacia 1700 se procedió a la rotulación y cultivo de los marjales de Catral, repartidos en lotes de entre 200 y 400 tahúllas. La descripción de estas tierras dio unos resultados tan satisfactorios que Catral pronto se convirtió en Villa, siendo declarada como tal en 1741 por Felipe V. El crecimiento poblacional y económico del lugar llegó a desembocar en la adquisición de este título, y el coste de esta segregación fue elevado para los vecinos del municipio. Debieron soportar 12.499 libras, pero no de manera ruinosa, pues ganaron a cambio la exención de contribuir a la ciudad de Orihuela, obteniendo independencia para crear y organizar sus propios recursos mediante la consolidación de una oligarquía local que, naturalmente, contribuyó con sus propios medios a este proceso independentista.

A partir de ese momento, a la villa de Catral le correspondió el goce, en primera instancia, de la jurisdicción civil y criminal, alta y baja, mero y mixto imperio, que recayó sobre sus alcaldes ordinarios, aunque esta jurisdición estaba sujeta a la supervisión del corregidor del partido. También tenía órganos propios de gobierno que tenían a su cargo la administración y gobierno de los asuntos municipales, y un territorio delimitado sobre el que ejercer las funciones que le eran propias.

El alcalde era la máxima autoridad local y su función principal consistía en la administración de justicia. Podía presidir tanto las causas civiles como militares. El primer alcalde de la villa de Catral fue D. Antonio Sirvent. Quienes ocuparon estos cargos fueron los vecinos más influyentes y adinerados, los cuales contribuyeron al pago de los gastos del Privilegio del Villerazgo. Además, el término municipal dispuso de una "horca" en la entrada de la población para poder hacer justicia en todo el término municipal.

El día 21 de marzo de 1829 en la comarca del Bajo Segura se produjeron fuertes y pavorosas convulsiones sísmicas, y aunque percibidas en Catral con gran violencia, no produjeron daño alguno, por lo que desde esa fecha se canta el Misere en honor a San Emigdio, patrón de los terremotos, a la misma hora y día que tuvo lugar el suceso.