De los primeros pobladores de San Miguel, de los que tenemos vestigios, es de los iberos, cuyos restos de cerámica se encuentran en abundancia en sus alrededores.

Debido a que en la Antigüedad se encontraba en medio de dos pequeños cursos de agua, y dada su escasez en bastantes kilómetros a la redonda, fue lugar de cita de las más variadas culturas.

Después de los iberos, se establecieron pueblos como los romanos (tan sólo como lugar de paso) y sobre todo los árabes, de los cuales todavía quedan algunas muestras, como el horno de cocer cerámica, en la finca "Las Zahurdas".

Hacia el año 800 d.C., vienen las primeras referencias al Convento de San Ginés, situado en las inmediaciones del municipio al lado del Río Nacimiento. Este convento tuvo mucha importancia a lo largo de varios siglos hasta su desaparición en 1639, quizás por la peste o porque al terminar las incursiones árabes a las costas dejó de tener interés como puesto de defensa.